Fetret Devri esnasında, kendisini Edirne’de hükümdar ilan eden Süleyman Çelebi, iki kardeşini Bizans’ın desteğini alabilmek uğruna İstanbul’a rehine gönderdi. Fatma Sultan da kardeşleri Kasım ve Yusuf’la beraber İstanbul’da oturdu. İki şehzâde vebadan ölünce, Fatma Sultan Bursa'ya geldi ve bir sancakbeyi ile evlendirilerek burada vefat etti. Şehzâdelerden birinin Hristiyan olarak öldüğü uydurmadır; vefatında bir manastır bahçesine gömülmesinden kaynaklanmış olmalıdır.