Nakşibendi tarikatını diğer tarikatlardan ayıran en mühim hususiyeti, cehrî (aleni) zikir yerine, hafi (gizli) zikri esas almasıdır. Kalbi temizlemek için zikr sessizce yapılır.

Nakşibendi tarikatının bir başka hususiyeti ise tarikat silsilesinin diğer tarikatlardan farklı olarak Hazret-i Ebu Bekr’e ulaşmasıdır.

Nakşibendi tarikatının hususiyetlerinden bir tanesi harika ve kerametin, hatta aşk ve muhabbetin önünde zühd ve takvanın gelmesidir. Zühd ve takva, yani dünyaya düşkün olmamak ve dinin emir yasaklarını öğrenip yapmak önceliklidir. Nakşibendi tarikatında tasavvuf yolcusunun yolun sonunda elde edecekleri, başında verilir. Bu sebeple Nakşibendi tarikatında mürit olmak da mürşid olmak da kolay değildir. İslamiyet'in batını asırlar boyunca en çok Nakşibendiler, zahirini de Osmanlılar korumaya çalışmıştır. Bu sebeple din düşmanları hassaten bu ikisini hasım edinmiştir. Yeni devirde diğer tarikatların üzerine pek gidilmediği halde, hassaten Nakşibendiler ezilmeye çalışılmıştır. Bu tarikatte en büyük keramet, istikamettir. Kerametler, rüyalar, harikalar bu tarikatte ön planda değildir. Sadelik ve mütevazılık esastır. Bunu Nakşi şeyhlerinin türbelerinde de görmek mümkündür. En sade en gösterişsiz en ücra türbeler, bunlara ait olanlardır. Şah-ı Nakşibend hazretlerine atfedilen bir beyit vardır: Der tarik-i nakşibendi lazım amed çâr terk, terk-i dünya terk-i ukba, terk-i hesti, terk-i terk. Yani mürit dünyayı terk edecek, ahireti de düşünmeyecek. Benliğini de terk edecek; hiçbir hayrı kendinden bilmeyecek. Bunları terk ettiğini de düşünmeyecek, ucba kapılmayacak. Nakşi şeyhleri asırlar boyu tasavvufun teoriğini de pratiği ile beraber yürütmüş, bidatlerle mücadele ederek sağlam bir tasavvuf esası kurmuştur.

Nakşibendilikte salikten riyazet ve mücahede istenmez. Ancak mürşid-i kamil namzetleri için mutlaka erbain (çile) çıkarmak, yani tenha bir odada, kimseyle görüşmeden ibadetle meşgul olmak, sadece namaza cemaate çıkmak, az bir yemekle idare etmek vardır. Nakşibendi tarikatinde inziva yoktur, halvet der encümen, yani halk içinde hak ile olmak vardır. Siyasetle meşgul olmamışlar, zenginler ve makam sahiplerinden uzak durmayı tercih etmişler; icabında onları ikazdan da geri durmamışlardır.

Nakşibendiler, tasavvufa bidat (çalgı, raks, kadın vs) girmesine şiddetle mani olmaya çalışmışlar, öyle olanları bünyelerinden atmışlardır. Nakşi büyükleri zahir ilimleri ile tasavvufu beraber yürütmüştür. Çoğu aynı zamanda zahir alimidir. İmam Rabbani, kelâm; Senaullah Panipati, tefsir ve fıkıh, Ahmed Ziyaeddin Gümüşhanevi hadis alimi idi. Telifatları vardır.

Remzi (Akyürek) Efendi isimli bir Mevlevî şeyhi anlattı: “İlahiyat fakültesinde tasavvuf imtihanı vardı. Dersin hocası ben idim. Abdülhakîm Arvasi Efendi hazretleri mümeyyiz seçilip gönderilmişti. Huzurlarında imtihan başladı. Talebenin birine bir sual sordum. Sualim şu idi: ‘Tarikatler arasındaki fârıka [fark] ve hususiyetler nelerdir?’ Çocuk: ‘Hârika ve kerâmette Kâdirîlik, aşk ve muhabbette Mevlevîlik, zühd ve takvâda Nakşîlik’ cevabını verdi. ‘Sen bunlardan birini tercih vaziyetinde olsan, hangisini ihtiyar ederdin?’ diye sordum. Talebe, herhalde, hocasının Mevlevî olduğunu düşünmüş olacak ki, bir cemile yaptı ve: ‘Mevlevîliği ihtiyar ederdim, efendim’ dedi. Sormak, talebenin tercih ölçüsünü kurcalamak lâzımdı. ‘Niçin Mevlevîliği seçerdin, oğlum?’ dedim. Hemen cevap verip: ‘Aşk ve muhabbete her şey dâhildir’ dedi. Bu söz üzerine, Abdülhakîm Efendi Hazretleri, çocuğa, ‘Aferin!’ dediler. İmtihan bitti. Çıktık, Efendi Hazretleri ile yan yana yürürken, kendilerine: ‘Efendim, çocuk hocasının tarikati olan Mevlevîliği seçti, düşüncesini söyledi ve siz onu, aferin ile takdir buyurdunuz. Halbuki siz Nakşîsiniz. Sebebini sual edebilir miyim?’ dedim. İşte o zaman, Efendi Hazretleri bana, insanoğlunun elinin, idrakinin erişemeyeceği şu ince manayı ikram edip: ‘Çocuk doğru söyledi. Aşk ve muhabbete her şey dâhildir. Şu var ki, Nakşîlerin zühd ve takvâsı, bu aşk ve muhabbeti örtmeğe perde olmaktadır. Çocuk doğruyu söyledi. Zühd ve takvâ ile örtülü aşk ve muhabbeti ayırd edecek kadar derine inemezdi’ buyurdu.”