İyi bir ailenin oğlu ve bir entelektüel idi. İttihatçı idi. 1911’de onlarla yolunu ayırdı ve amansız düşman oldu. 1913’te Sinop’a sürüldü, buradan Kırım’a oradan da Kafkasya’ya kaçtı. Sibirya’ya sürüldü. İhtilalden sonra komünist oldu. 1918’de Moskova’da gazete çıkarttı ve burada kurulan Türkiye Komünist Partisi’ne dahil oldu. Rus Komünist Partisi’nin Türkiye şubesi vasfındaki bu partinin başına da Ruslar, Yoldaş Mustafa Suphi’yi geçirdiler. İki ülkenin yakınlaşması, Mustafa Suphi’nin önünü açıyordu. Bundan endişelenen Ankara hükümeti de hem Sovyetlerden yardım alabilmek, hem de aslında Mustafa Suphi’nin önünü kesmek için, 10 Eylül 1920’de samimi komünist görünen Cami ve Hakkı Behiç Beylerin riyasetinde ve Yunus Nadi, Celal Bayar, Refik Koraltan gibi eski İttihatçıların bulunduğu devlet güdümünde Türkiye Komünist Partisi adında başka bir komünist parti kurdu. Bir de 1920 baharında Bakü’de İttihatçıların kurduğu Türkiye Komünist Partisi vardı. Kızıl Ordu Azerbaycan’ı işgal edince, İttihatçıların partisini dağıttı. İttihatçılar da bunun mesulü olarak gördükleri Mustafa Suphi’ye diş bilediler. Bunun üzerine Mustafa Suphi, Ankara ile ittifak yapmak üzere memlekete dönmeye teşebbüs etti. Yeni rejim için tehlikeli görüldü. Ankara, Mustafa Suphi’nin ilerlemesini engellemek için lazım gelen tedbirleri aldı. Kars’tan trenle Erzurum’a gelen heyet şehre alınmadı. Ayrıca devlet eliyle tahrik edilen nümayişlerle karşılaştı. Kızaklarla sefil perişan bir şekilde Trabzon’a ulaştı. Kayıkçılar kahyası Yahya adındaki eski Teşkilat-ı Mahsusa fedaisi tarafından 14 arkadaşıyla beraber bir motora bindirildi. 28-29 Ocak 1921 gecesi üzerlerindeki para ve kıymetli eşya alındıktan sonra birkaç mil açıkta elleri ve ayakları bağlanarak denize atıldı. Geri getirilen karısı ise o akşam cereyan eden bir oturak aleminde tecavüze uğrayarak öldürüldü. Herkese Batum’a gittikleri söylendi. Anadolu hareketinin başına geçmek isteyen Enver Paşa’nın veya Sovyetlerle münasebetlerinde otoritesini kaptırmak istemeyen Ankara’nın arzusuyla öldürüldüğü; Rusya’nın bunu bildiği, Kemal Paşa yenilirse Enver Paşa’yı ileri süreceği, bu sebeple Suphi’nin arada takoz olmasını istemediği söylenir. Nitekim Mustafa Suphi’den hemen sonra Enver Paşa bir komünist partisi kurmuş ve bir mektubunda Mustafa Suphi’nin öldürülmesinden memnuniyetini yazmıştır. Bu gibi siyasi cinayetlerde işin aslını anlamak kolay değildir.  Mustafa Suphi müstakil komünist partinin kurucusu olduğu için Ankara tarafından öldürüldü. Ankara, Rusya'yı hoş tutmak için göstermelik bir komünist parti kurmuştu. Bir de Enver Paşa’nın Sovyetlere yaralıp desteklerini alabilmek maksadıyla kurduğu komünist parti vardı. Cinayetin suçu Kazım Karabekir ve Enver Paşa’nın üzerine atılmıştır.