XVI. yüzyılın sonlarında Doğu Afrika müslümanları bölgede Portekiz varlığına nihayet vermek için yeniden direnişe geçtiklerinde Yemen Beylerbeyi Hasan Paşa’dan yardım istediler. Bunun üzerine Kızıldeniz’deki Osmanlı donanması kereste getirdi. 1585’te Osmanlılar’ın müttefiki Doğu Afrika sahillerindeki sultanlar, çok sayıda küçük tekneyle tek kadırgalı birliği destekleyip yola devam etmesine yardımcı oldular. Makdişu (Mogadişu), Berâve, Lamu, Pemba ve Mombasa Osmanlı Devleti’ne bu sırada bağlandı. Hindistan’dan gelen Portekiz donanması 5 Mart 1589’da Mombasa girişini kapattı ve şehri bombalayıp limandaki Türk donanmasını yaktı. Esir alınan Osmanlılar katledildi; reisleri Lizbon’a götürüldü. Mombasa ve diğer şehirlerdeki müslümanlar uzun yıllar Portekiz sömürge idaresi altında yaşamak mecburiyetinde kaldılar.