Mısır’ın yerli halkı olan Kıptilerin kendi kiliseleri vardı: Kopt kilisesi. Bunlar Monofizist itikatta olduğu için, idari olarak aynı mezhepteki Ermeni Patrikhanesi çatısı altında idi. İskenderiye, Antakya ve Kudüs Patriklikleri, İstanbul ile aynı pentokrasiye tabidir, Ortodokstur.