Hurufiler, Kur’an-ı kerim harflerinden kendilerine göre mana çıkaran heretik bir gruptur. Timur’un torunu Miranşah üzerlerine sefer yaptı ve dağıttı. Ama tamamen ortadan kaldıramadı. Bu hizmet, esas itibariyle Timur’a değil Miranşah’a aittir. Timurlu şehzadeleri, valilik yaptıkları beldelerinde muhtar bir hükümdar gibidir. Miran Şah tarafından yakalanan Fazlullah, Alıncak Kalesi’nde hapsedildi. Yapılan muhakemesi sonunda Şirvan Emîri Şeyh İbrâhim’in kadısı Bayezid’in fetvası ile 796’da (1394) Alıncak Kalesi’nde boynu vurularak idam edildi. Ayaklarına ip bağlanarak cesedi çarşı ve pazarda dolaştırıldıktan sonra mensupları tarafından defnedildi. Bazı Hurûfî eserleri, Fazlullah’ın cezasının bizzat Miran Şah’ın eliyle infaz edildiğini ve kullanılan kılıcın Fazlullah’ın müridleri tarafından altınla kaplandığını, tazimle öpüldüğünü kaydederler. Yine bundan dolayı aynı kaynaklarda Miran Şah’ın ismi “Mâr Şâh” veya “Mârân Şâh-ı Pelîd” (Yılan Şah) diye yazılır. Mamafih Hurufilik ortadan kalkmadı, ama bir mikdar zayıfladı. Timur’un, Hurufilerin itikadını fehmedebilecek kadar ilmi ve ulemayla meşvereti olduğu söz götürür. Ancak Hurufilik o devirde ciddi bir siyasi ve sosyal bir tehlike halini almıştı. Ulema bunu da tebarüz ettirerek Timur’un tenkil kararı almasını temin ettiler. Tarihçi Nizâmeddîn-i Şâmî’nin naklettiği bir hadise dikkate şayandır. Timur, İran ve Turan ülkesinden topladığı ulema ile İslâmiyet hakkında konuşurken eski devrin ulemasının hükümdarları irşad ettiğini, lazım gelen ikazlarda bulunduğunu, kendilerinin ise bunları yerine getirmediğini söylemiştir. Gerçi alimlerden uzak değildi. Taftazani ve Cürcani’nin huzurundaki münazaraları meşhurdur. Ama Timur gibi birine ne kadar söz söyleyebildiler, o onlarla ne kadar istişare etti, meçhuldür. Bunları imaj için yanında tutuyordu. Yalnız şöyle bir kayıt vardır: Timur, Hace Abdülevvel’e zekât ile alakalı bir sual sorunca Hâce cesaretini toplayıp, “Size zekât düşmez ya Emir, çünkü gasp ettiğiniz malları, hakiki maliklerine iade edince fukara düşersiniz” deyivermiş. Hace’nin bu sözünü teyid eden şey, Timur'un yağmalattığı şehirlerden getirdiği zenginliklerle Semerkand’da kurduğu Şam mahallesi, Bağdad mahallesi gibi mahallelerdir. Clavijo, sadece Ak Saray isimli sarayının bile yirmi senedir durmaksızın devam eden inşaatla büyütülüp genişletildiğini yazar. Aynı devirdeki Bursa Bey Sarayı, üç katlı mütevazı hükümet konağı gibi bir yerdir. Aslında Timur’un, âlimlerden istemediği şeyler işitince, onları susturduğunu gösteren rivayet de yok değildir. Suriye’ye geldiğinde Memlûk ulemasına, “Memlûk ordusu ile muharebe ederken her iki taraf da müslümandı. Hangi tarafın ölüleri şehiddir?” diye sordu. Ulema, “Kim ilâ-ı kelimetullah için, yani İslâmiyeti yüceltmek için muharebe ettiyse onunkiler” diye politik bir cevap verdi. Bu cevap Timur’un pek hoşuna gitti. Fakat birden Halife Ali ile Muaviye arasındaki geçenler hakkında sualler sordu. Muaviye’ye zalim deyince, ulema itiraz etti. Buna kızdı, onlara baskı yapınca, meclistekiler ustaca mevzuyu değiştirdi.