Hindistan’da hüküm süren Gürgâniye Devleti’nin hükümdarlarını, Osmanlı padişahları kadar yüksek seciyeli zâtlar olarak görmek doğru değildir. İçlerinde dine ve insanlara hizmetleri kadar, daha ziyade muhitlerinin tesiri altında kalarak haksızlık yapanları da vardır. Ekber Şah’ın hâli ehline malumdur. Hindu asıllı eşinin ve vezirlerinin tesiriyle dinden çıkmış; hatta İslâmiyeti yasaklayarak din-i ilahî adında bir kurmuş; kendisini de ilahlık mertebesine yükseltmişti. Bunun oğlu Selim Cihangir, babası gibi değildi. Bununla beraber Şiî asıllı karısı ve vezirinin telkinleriyle Ehl-i sünnet mensuplarına çok sıkıntılar vermiş; hatta İmam Rabbânî’yi, kendisine secde yaparak selâm vermemesini bahane edip haksız yere üç sene Guvalyar Kalesi’nde hapsetmiştir. Bunun oğlu Şah Cihan babasından daha iyi bir hükümdar ise de, zevcesine olan aşırı aşkı, devlet işlerini yüzüstü bırakmasına sebep oldu. İsrafa varan harcamalarla zevcesi için Tac Mahal adlı muhteşem bir türbe inşa ettirdi. Bu sebeple oğlu Âlemgir Evrengzib tarafından tahttan indirildi. Âlemgir, hem âlim ve fâzıl, hem de hem İmam Rabbânî’nin halifesinin halifesi Seyfeddin Fârukî’ye hürmetkâr idi. Buna rağmen, zâhir ulemasının reaksiyonundan çekindiği için Mektubat’ın okunmasını Hindistan’da yasaklamıştı.

Bu devirde Hindistan’da gerek Hindular, gerekse Şiîler büyük güç ve nüfuz kazanmıştı. İmam Rabbânî’nin Ehl-i sünnet çizgisindeki faaliyetleri bunlar arasında büyük bir düşmanlık uyandırdı. Bu arada zâhir ulemâsının Mektubat’taki tasavvufî sembollere dair itirazları İmam Rabbânî ve talebelerine karşı bir muhalefeti güçlendirdi. Kendisini tekfir edenler bile oldu. Tam bu sırada bir Şiî âliminin öldürülmesinden o mesul tutuldu. İşte, İmam Rabbânî, bütün bu nâmüsait şartlar altında irşad faaliyetini yürütebilmek için, ilm-i siyasete çok riayet etmiş; icabında sultanlara karşı alttan almıştır. Mektubat’ta tarihin en haşin hükümdarlarından olan Emir Timur, Nakşî büyüklerine hürmeti ve başka hayırlı işleri bakımından “Timur mürd iman bürd” (Timur öldü, imanı veya emniyeti beraberinde götürdü) sözüyle övülür. Hakkında “Nakşî büyüklerine olan hüsnü zannı sebebiyle iman ile gitmiş olması umulur” denir. Böylece hâlihazırdaki sultanlar, büyük dedeleri övülerek ve onun Nakşî büyüklerine olan hürmeti dile getirilerek insafa davet edilmektedir. Kaldı ki bu husus da tarihi olarak problemlidir. Nitekim Şahı Nakşibendi'nin mürşidi Emir Külal'in torunu büyük dedesine dair menakıbnamesinde, Emîr Külâl’in Timur için dua etmekten çekindiğini ve onu Semerkant’ta ziyaret etmeyi reddettiğini söyler. (Menâkıb-ı Emîr Külâl-i Sûhârî, vr. 29b-31a)

Emir Timur hakkındaki Mektubat’ta geçen bu söz Şah Nakşbend’e nisbet edilirse de, Şah-ı Nakşibend, Emir Timur’dan 16 sene evvel vefat etmiştir. Üstelik kendisiyle görüşmemiştir. Emir Timur, gençliğinde Emir Külâl’e hüsnü zan ederdi. Şah Nakşibend’in türbesinden geçerken halılarının silkindiği görüp, bereketlenmek için altından geçtiği rivayet olunur. Bu hüsnü zannın hâsıl ettiği manevî destek, Emir Timur’a büyük bir dünyevî şan ve şöhret kazandırmıştır. Emir Timur’un torunu Bâbür Şah ve bunun oğlu Hümâyun da Ubeydullah Ahrar ve halifelerinin muhibleriydi. Gürgâniyye sultanlarında inhiraf Ekber Şah ile başlamıştır. Şah Cihan, İmam Rabbânî’yi hapiste ziyaret edip, babasına ayaklanmak için desteğini istemişse de, İmam Rabbânî babasının az zaman sonra ölüp saltanatın kendisine kalacağını söyleyerek engellemiş; dediği gibi de olmuştur. Bu sebeple Şah Cihan ve halefi Âlemgir zamanında İmam Rabbânî ve müridleri rahat etmiştir.