Medreseler vakıftır. Vakıflar muhtar müesseselerdir. Vakfın kurucusu, vakfın işleyiş usulüne de karar verir. Medresede okutulacak derslere, kitaplara ve bunu hangi hocaların vereceğine, vakfın kurucuları ve hocalar karar verir. Bu, Avrupa’nın köklü üniversitelerinde de böyledir. Ama medreselerin zamana ayak uyduramadığı, hatta fen derslerinin kaldırıldığı iddiası sözü uydurmadır. Katip Çelebi bu mevzuda sathi bir takım tespitlerde bulunmuş; herkes bu yanılgıyı devam ettirmiştir. Nitekim sonraki alim icazetnameleri ve de yazılan ilmi eserler bunu yalanlamaktadır. Bunu söyleyenlerin Osmanlılarda yazılan binlerce ilmi eserden, hiç değilse IRCICA'nın bunların listesine dair neşriyatından haberdar olmadığı anlaşılmaktadır.